Không có kế hoạch để thực hiện một phần tiếp theo của The Bourne Identity năm (2002) khi nó đã được hình thành. Matt Damon nhận xét, "Khi phim The Bourne Identity thực hiện xong, tôi nói:" Có rất ít cơ hội chúng tôi sẽ làm một bộ phim thứ hai, chỉ bởi vì không ai trong ê-kíp đầu tiên muốn làm một bộ phim nếu nó không thể bằng hoặc tốt hơn phần đầu". Theo nhà sản xuất Frank Marshall, nội dung bắt cóc Marie buộc Bourne trở lại tính cách sát thủ của mình trong cuốn tiểu thuyết "The Bourne Supremacy" và mối đe dọa Bourne với CIA nếu họ đi sau anh một lần nữa trong bộ phim trước đó, là nguồn cảm hứng cho phần cốt truyện. Điều đó nói rằng Marshall và Tony Gilroy nghĩ ra một ý tưởng mà ở đó, Bourne "sẽ đi tiếp cuộc hành trình của mình, giải quyết những điều còn bỏ ngõ trong phần trước". Nhà sản xuất Paul L. Sandberg cảm thấy biên kịch Gilroy "lại chuyển hướng" cốt truyện của cuốn sách, nó cần thiết "bởi vì rất nhiều điều trên thế giới đã thay đổi kể từ khi cuốn sách được công bố". Các nhà sản xuất cũng thay thế đạo diễn Doug Liman, điều này một phần do những khó khăn mà Liman đã có với trường quay khi thực hiện bộ phim đầu tiên, nên họ không sẵn sàng để làm việc với anh ta một lần nữa. Đạo diễn người Anh Paul Greengrass đã được chọn để đạo diễn bộ phim sau khi các nhà sản xuất thấy phim Bloody Sunday năm (2002) của ông, Greengrass đưa cách mô tả các vụ nổ súng trong "Sunday Bloody" ở Bắc Ireland vào phim này theo gợi ý của Gilroy. Nhà sản xuất Patrick Crowley thích Greengrass đưa vào "ý nghĩa của các cảnh quay hơi rung lắc như có sự tham gia người xem" và phong cách trực quan vào phim, mà Crowley nghĩ rằng sẽ tốt cho The Bourne Supremacy. Bộ phim được thực hiện theo thứ tự ngược lại các trình tự diễn ra trong phim: một số phần của cảnh rượt đuổi xe và kết thúc của bộ phim được quay trước tại Moskva, sau đó hầu hết các phần còn lại của bộ phim được quay tại Berlin, và những cảnh mở đầu ở Goa được quay cuối cùng.[4]